Die Schlosskapelle wurde unter Landgraf Wilhelm IX., dem Erbauer des Schlosses Wilhelmshöhe eingerichtet. Am 21. April 1793 hielt Hofprediger Rommel den ersten Gottesdienst. Von 1806 bis 1814 war sie katholische Hofkapelle in der Residenz Jeromes, des Bruders Napoleons. Nach dessen Sturz diente sie wieder dem kurhessischen und später dem preußischen Hof als gottesdienstlicher Raum. 1964 begannen in der Kapelle Renovierungsarbeiten, die nach den Zerstörungen im 2. Weltkrieg notwendig geworden waren. Die Restaurierung wurde vollständig nach den originalen Farben und Maßen im alten Stil ausgeführt; auch die Orgel von 1901 wurde wieder eingebaut. Acht Ölbilder von Wiskemann aus dem Jahre 1619 stellen die Kindheitsgeschichten Jesu dar. Nach 1945 ging die Kapelle mit dem Schloss aus preußischem in hessischen Staatsbesitz über.
Neben sonntäglichen Gottesdiensten wird die Schlosskapelle gerne für kirchliche Trauungen und Taufen genutzt.